Salah satu profil lulusan program studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (prodi IAT) Universitas PTIQ Jakarta adalah peneliti pemula dalam ilmu Al-Qur’an dan tafsir. Karenanya, mata kuliah diberikan sesuai dengan profil lulusan, yang memastikan bahwa sarjana prodi IAT merupakan ahli Al-Qur’an yang dapat meneliti tafsir dan memunculkan solusi berdasarkan Al-Qur’an dan tafsir Al-Qur’an.

Dalam konteks Al-Qur’an dan Ilmu Al-Qur’an, program studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir memberikan mata kuliah tajwid, tahfizh Al-Qur’an selama 6 semester, nagham, rasm, dan qiraat. Dalam konteks tafsir, ada mata kuliah tafsir tahlili 30 juz selama 3 semester, tafsir mawdhui (6 mata kuliah), tafsir muqaran, tafsir maqashidi, wacaca kontemporer seputar tafsir, kaedah tafsir, mazahib tafsir, mutasyabih, gharib fi tafsir, dan mata kuliah lain yang proporsionalnya sekitar 70% dari total 148 SKS yang ada.